柯文哲在對中政策上，一直採取「中間路線」，既不完全排斥，也不完全接受中國。他曾經表示，九二共識是歷史的事實，但他「堅決反對一國兩制」。
2019年，柯文哲在接受美國媒體採訪時表示，九二共識是「歷史的事實」，但他也堅決反對一國兩制。
2020年，柯文哲在台北市議會質詢時表示，台灣與中國的關係應該是「互利、互惠、互信」。
2022年，柯文哲在接受媒體採訪時表示，如果他當選總統，會與中國保持一定的經濟合作，但也會堅守台灣的民主、自由、主權。
柯文哲表示：所謂兩岸關係，不只是台灣海峽兩岸、而是要考慮太平洋兩岸的「美中關係」
以前看兩岸關係都是站在台灣，看說大陸怎麼應付，從來沒想過站在美國角度來看台灣，站在美國角度，美國最適當的台灣跟中國關係是什麼，兩岸關係不是台灣海峽兩岸，是太平洋兩岸，所以沒有什麼叫兩岸關係，只有中美對抗架構下的台灣問題。
柯文哲出席九大工商團體舉行的「2023台灣經濟發展論壇」，針對兩岸問題，在現階段答案是「緊張但不是太緊張」，民進黨是太緊張，國民黨是不夠緊張，「所以我們要想辦法，緊張但不是很緊張，台灣民眾黨要找到那個點，這很有哲學。」
柯文哲強調，兩岸其實是可以解決，自己也跟美國講，不要把習近平的中國當作永遠的中國，要有這概念，胡錦濤、江澤民時代跟現在就很不一樣，為何一定要認為目前的中國是永遠的中國，就階段性處理就好，用美國國務卿布林肯概念最安全，可以合作合作，需要競爭的時候競爭，必須對抗的時候對抗。
柯文哲認為，對於兩岸關係完全倒到美國、大陸都不行，要跟大陸講，我們底線是什麼，台灣自主兩岸和平，台灣自主就是我們還是希望保有現在政治制度跟生活方式，「你的底線是什麼我也知道，我知道你希望我講什麼，我也知道你不准我講什麼，你希望我將的，偶爾講一兩句給你聽，不希望我講的，我盡量不要講，取一個平衡」。
柯文哲指出，對於兩岸關係，自己辦過世大運、8次雙城論壇，兩邊是可以溝通的，為何講五個互相，他去美國見官員，「互相諒解」，忽然發現翻譯翻不出來，後來跟美國說，「我們跟中國同文同種，跟大陸溝通一定比你跟他溝通容易，因為很多字你們英文沒有，互相諒解要怎麼翻」。
(世大運期間還幫助蔡英文以台灣總統的身份上台，這是過去的國際運動賽事都難見的事)
其實兩岸議題複雜性高，考量面向廣、影響層面多，往往無法輕易一分爲二，對於民眾黨與柯文哲主席來說，反而更應該藉由理性討論，共同尋求社會的最大共識。
如何兼顧台灣主權，又能兼顧民間交流？當中國依然是台灣最大市場，但又對中國保有疑慮之際，尋求合宜的解方。
參考資料：
https://tw.news.yahoo.com/台灣大陸最佳關係-柯文哲-8字-解說狀態-091411556.html
https://tw.news.yahoo.com/外媒問兩岸-柯文哲-勿把習近平政府視為永遠的中國-080848808.html